Ementa

  • Estrutura e estabilidade de macromoléculas biológicas: DNA, proteínas e polissacarídeos.
  • Ligações de hidrogênio, solvatação e hidrofobicidade.
  • Representação clássica de interações atômico-moleculares.
  • Ligações covalentes e Interação entre átomos não ligados.
  • Campos de Força para Biomoléculas.
  • Métodos de parametrização de carga.
  • Modelagem computacional da água, biomembranas e macromoléculas biológicas.
  • Otimização de geometria por minimização de energia.
  • Métodos Gradiente e Estocásticos.
  • Generalized Simulated Annealing e a otimização global de macromoléculas – enovelamento de proteínas.
  • Docking Molecular. Algoritmos para a Simulação por Dinâmica Molecular.
  • Condições periódicas de contorno.
  • Condições de contorno estocásticas.
  • Movimentos em curta e larga escala de tempo.
  • Transições estruturais locais e globais.
  • Análise de modos normais de vibração.
  • Dinâmica da associação molecular.
  • Métodos termodinâmicos e estatísticos.
  • Cálculo da variação da energia livre de ligação proteína-ligante.
  • Simulação da inibição de enzimas.
  • Desenho racional de fármacos.
  • Aplicações no combate ao Câncer, AIDS, Doença de Chagas e Malária.

•  http://www.bioinfo.ufrj.br/biomod/DinamicaMolecular.PDF

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