Ementas dos Cursos

    Curso 7PG - Nível de Pós-Graduação
    Modelagem molecular aplicada a sólidos e biomoléculas
    Prof. Kleber Mundin (UNB)
 


Objetivos

Introduzir os fundamentos da modelagem molecular e suas aplicações em sistemas macromoleculares, tais como proteínas e ligas metálicas - espera-se que no final do curso o aluno tenha conhecimento das principais teorias, algoritmos matemáticos e computacionais, assim como das dificuldades inerentes a esta metodologia -;  apresentar uma visão atualizada das perspectivas futuras do uso desta técnica em sistemas biomoleculares e sólidos em geral.

Conteúdo

 - O que é modelagem molecular?
 - Quando usá-la ?
 - Os procedimentos e técnicas computacionais
 - Campo de força Clássico
 - Otimização de geometria via métodos gradientes
 - Dinâmica molecular clássica
 - Modelagem molecular estocástica via Simulated Annealing
 - Método híbrido: Clássico-Quântico
 - Apresentação de alguns códigos computacionais existentes no mercado
 - Aplicações em Ligas Metálicas e Biomoléculas
 - Perspectivas na área de modelagem molecular

Bibliografia

1)- Molecular Mechanics
    Ulrich Burkert and Norman L. Allinger
    American Chemical Society (ACS-177), 1982
    ISBN 0-8412-0584-1
2)- Molecular Biophysics - Structures in Motion
    Michel Daune
    Oxford University Press- (1999)
    ISBN 0-19-857782-6
3)- Stochastic Classical Molecular Dynamics Coupled  to Functional Density Theory: Applications to Large Molecular Systems
    K.C. Mundim and D.E. Ellis
    Braz. J. Phys.  29: (1) 199-214 (1999)
4)- Geometry optimization and conformational analysis through generalized simulated annealing
    K.C. Mundim and C. Tsallis
    Int. J. Quantum Chem. 58: (4) 373-381 (1996)
5)- Stochastic molecular dynamics in simulations of metalloid impurities in metals
    D. Fuks,  S. Dorfman, K.C. Mundim K,  D. E. Ellis
    Int. J. Quantum Chem. 85: (4-5) 354-367 (2001)
6)- Nonempirical simulations of boron interstitial in tungsten
    Kleber C. Mundim, Vlad Liubch, Simon Dorfman, Joshua Felsteiner, David Fuks, Gunnar Borstel
    Physica B, 301, 239-254 (2001)
7)- Polarization Effects on Peptide Conformations at Water-Membrane Interface by Molecular Dynamics Simulation
    P.G. Pascutti, K.C. Mundim, A.S. Ito AS
    and P.M. Bisch
    J. Comput. Chem. 20: (9) 971-982 (1999)